核算；另一种是通过建设单位会计制度进行核算，借款利息最后通过待摊投资进入交付使用资产价值。对于第一种核算方式来说，决算报表可以反映事业单位完整的负债状况，但是大量的借款利息费用化处理不符合借款利息“谁使用、谁付费”的原则。通过第二种方式进行核算，那么借款利息可以资本化，但是由于决算报表不反映这部分负债，因此其提供的财务状况信息是不完整的，特别是高校投入大量的资金用于基本建设，而这些资金大部分通过银行借款等融资渠道取得，如果资产负债表不反映这部分资产负债，那么其反映的资产负债情况是不完整的，会计信息的需求者容易被误导；高等学校负债包括“借入款项”、“应付票据”、“应付及暂存款”、“应缴财政专户款”、“应交税金”、“代管款项”科目，但是资产负债简表负债类只有应付（预收）款项、应缴预算款、应缴财政专户、其他负债几栏，这样的话“借入款项”、“应交税金”、“代管款项”的余额全部反映在其他负债中，不利于财务信息需求者特别是对高校提供贷款的金融机构对学校的财务状况有全面的了解。（3）净资产方面：高校按照会计制度规定：净资产是学校拥有的资产净值及出资者拥有的产权。但由于固定资产不计提折旧，只要不存在融资租赁的情况下，固定基金恒等于固定资产，导致净资产虚高。
3、有些项目设置不够合理
决算报表中有些项目设置不够合理。主要包括：（1）在财决01表部门收入支出决算总表和财决01-1表基本建设收入支出总表中均反映了基本建设类资金结余，很多单位将其与建设单位会计报表主要指标表结余资金混为一谈。按建设单位会计制度规定，在建设单位会计报表中年末结余资金包括是“基建拨款”余额（不包括“待转自筹资金拨款”数）加“联营拨款”、“企业债券资金”、“基建投资借款”、“待冲基建支出”各科目的余额的和减去“交付使用资产”、“应收生产单位投资借款”、“在建工程”各余额的差计算所得，而部门决算报表的基本建设结余资金严格来说，应该为基本建设收入减去基本建设支出形成的差额，不包括借款形成的结余资金。（2）基本支出和项目支出划分不清。按照规定项目支出主要包括国家批准设立的有关事业发展专项计划、工程、基金项目，大型修缮、大型购置、大型会议项目、专项业务项目和其他项目，但对于具体如何划分基本支出和项目支出却没有明确的规定，使得不同的学校在填列基本支出决算明细表和项目支出明细表由于理解不同，出现口径上的不一致。（3）财决附07表人员和机构情况表其中12行单位在职人员仅包括在职干部，却把工人单列，笔者这不是十分合理，因为工人编制也属于高校在职职工，也占用了事业编制。（4）财决附05表固定资产情况表补充指标房屋建筑物日常开支费用实际上由于无法在账面上反映，因此大多数单位采取统计方法填列，因此缺乏实际意义。
4、反映过于烦琐，有的指标交叉、重复多
高校年末财务部门一般要编制三套会计报表，包括部门决算报表、财政性资金投资基本建设项目决算报表、教育经费统计报表。这三套报表存在指标交叉重复现象，无形中增加了会计人员的工作量，而且教育经费统计报表按照老的编报口径填列，也就是说高校在编制完决算报表后，还要将决算报表按老口径还原为教育经费统计报表。此外，按照照事业单位准则，事业单位实行“大收大支”的预算管理体系，在这种管理体系下，高等学校把各项收入、各项支出全部纳入预算，对所有的收入和支出实行统一管理，不仅可以反映高等学校收支全貌，而且有利于掌握和控制学校收支总体规模，但是在决算报表仍然要求编制行政事业类财政拨款收支决算表和预算外资金收支情况表，由于在实际编制报表时，往往依据会计人员的实际经验进行，造成口径不一致。
5、没有反映现金流量情况